tiling芯片文献一篇

Genome Biology 2008, 9:R57

Transcriptional analysis of highly syntenic regions between Medicago truncatula and Glycine max using tiling microarrays

Lei Li, Hang He, Juan Zhang, Xiangfeng Wang, Sulan Bai, Viktor Stolc, Waraporn Tongprasit, Nevin D Young, Oliver Yu and Xing-Wang Deng

读完谈几点感想:

1. 用FGeneSH做基因预测，选用不同的物种的矩阵得到结果的差异很大，即使你选用了本物种的矩阵，预测结果和tiling芯片得到的转录数据也有不少差异。也就是说目前的基因预测方法都不是很可靠。
2. 植物至少是豆科里面转录本中一半不属于编码蛋白的转录本，转录组是相当复杂啊。
3. 即使是近缘物种，共线性很好的区段，表达谱差异也很大。在植物中可能随之基因复增等现象，染色体上共线性同源基因的功能已经分化了。所以对于共线性的数据，只能保守看待了。
4. 总的来说tiling芯片很有用，得到的数据很可靠。